Matomo(旧Piwik) ではアドミンウェブサイトセクションで、追跡対象のウェブサイトを無制限に追加することができます。実際、Matomo(旧Piwik) は数千ものウェブサイトを追跡していますが、いくらかのユーザーはそれよりもさらに多数のウェブサイトを追跡しています。各ウェブサイトは URL により定義されています。同じ Matomo(旧Piwik) のウェブサイトでサブドメインを追跡したり、お持ちのサブドメインのうちのいくつかに対し、別のウェブサイトを作成することも可能です。ウェブサイトページ管理のウェブサイトの作成について詳細を見る
JavaScript トラッキングコードでファーストパーティーのクッキードメインを設定することも重要です。トラッキングコード : サブドメインに対するクッキー設定をご確認ください。

同じ Matomo(旧Piwik) ウェブサイトで多くのサブドメインを追跡する場合、ページタイトルレポートで直接ドメイン名を確認したいかもしれません。単純に”ホームページ”ではなく、”support.example.org/Homepage” を見たい場合、JS setDocumentTitle ドキュメントをご確認ください。
アドミンウェブサイトページでは、各ウェブサイトに対し、追跡するその他の全てのドメインとサブドメインを含むエイリアス URL のリストを定義することもできます。これは、”リファラー” レポートに表示されないことで確認することができます。

“全てのウェブサイト”のダッシュボードは、過去の日付または週を通しての全ウェブサイトのパフォーマンスに関する簡単な概要を確認するために役立つ最初に見えるページです。このダッシュボードを、Matomo(旧Piwik) にロードするデフォルトページに設定することもできます。 (トップメニューのユーザーネーム > ユーザー設定にいってください) 10 以上のウェブサイトを追跡する場合、ウェブサイトセレクターは最初の 10 サイトのみ表示し、他のウェブサイトは、検索フィールドを使用します。

公式 Matomo(旧Piwik) モバイルアプリは、 “全てのウェブサイト” ダッシュボードを含む全てのレポートをサポートしています。
こちらもご確認ください。 : 1 つのサーバーに Matomo(旧Piwik) をインストールし、他のサーバーにホストされたウェブサイトへの訪問者を追跡する

この記事は、2016/03/28時点のものです。
原文：How do I track several websites, domains and multiple subdomains in Matomo(Piwik)?