はい、あなたのページ上で同時に解析パッケージのあらゆるコンビネーションを使用することができます。欠点としては、各アナリティクス Javascript トラッキングコードをページをロードする際に多少遅くなるため、ローディングにより時間がかかるかもしれない点が挙げられます。
なお私たちは、</head> 閉じタグすぐ前に Matomo(旧Piwik) トラッキングコードを設置することをおすすめします。

Matomo(旧Piwik) Javascript トラッキング API について詳細を見る

この記事は、2016/03/28時点のものです。
原文：Can I use Matomo(Piwik) and Google Analytics / Yahoo! Analytics / WebTrends etc. at the same time?